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昨日愚痴っていたことはリダイレクト時のステータスコードを変更することで解決できるそうです。
302だと「今本体があっちに行っちゃってるけど後で戻るからこっちのURLも忘れないでね」って意味になるらしい。
301だと私の意図通り「本体はここじゃないからあっちのURL使ってね」ってことになるみたいです。
PHPだとLocationを指定すると自動で302ステータスコードを返すようになっているようです。
あと、これを調べている間にlinkのcanonicalによるURL正規化なんてのも知って、これもうまく使えば役に立てられそうです。
同じくlinkタグでRSSを指定する方法も知ったので早速トップページなどで使っています。